Il fondo ebraico, oltre a pochi codici (di cui uno forse è una riproduzione lito-fotografica), comprende un certo numero di rotoli pergamenacei con lacerti più o meno estesi del testo biblico. Il manoscritto HEB. 15 è giunto in Biblioteca a febbraio 2014, proveniente dall’Archivio Custodiale. Il rotolo HEB. 16 è stato invece donato alla Biblioteca nel marzo 2014 dal Rev. P. Custode Pierbattista Pizzaballa. Si noti la presenza di alcuni mss. in ebraico samaritano (HEB. 3, HEB. 14, HEB. 16), a cui si avvicinerà anche il ms. arabo-samaritano ARB. 20.